一般的加热磁力搅拌器都是在底盘设置加热装置，此外也会设置相应的装置对加热进行监控，工作的盘面会安装有温度传感器（热点耦），仪器不会加热介质，可根据实验要求对温度进行调整。

加热磁力搅拌器不可用于危险的环境中搅拌易爆的物质或水下操作使用仪器。应保证只有受过相关训练的人员才能使用仪器。注意避免仪器电源线触及底盘。根据除处理介质的种类佩戴合适的防护设备。仪器不可用于室内处理有爆炸危险的介质，仪器应放置于不可燃或者防火的台面。注意磁场！使用时需考虑磁场对周边环境的影响，如数据存储器、心脏起博器。小心高温！仪器工作时盘面温度可达几百摄氏度，触摸仪器外壳和盘面时小心烫伤，仪器关闭后，也要注意余热。加热和冷却时，由于物质的膨胀可能会发出轻微的声音。